เหตุการณ์ประหลาดเกิดขึ้นเมื่อเรือดำน้ำอเมริกันถูกทำลายโดยกองกำลังลึกลับในทะเลนอกชายฝั่งกวม มีเพียงพลเรือเอก Tachibana เท่านั้นที่มั่นใจว่าเบื้องหลังภัยพิบัตินั้นไม่ใช่ใครอื่นนอกจาก Godzilla King of the Monsters ผู้ทำลายล้าง! 50 ปีหลังจากการโจมตีโตเกียวในปี 1954 ก็อตซิลล่าฟื้นคืนชีพขึ้นมาอย่างลึกลับเพื่อทำลายญี่ปุ่น และนายพลทาจิบานะซึ่งพ่อแม่เสียชีวิตจากการทำลายล้างของสัตว์ประหลาด เตรียมพร้อมสำหรับการกลับมาของเขาเพื่อปกป้องญี่ปุ่นจากภัยพิบัติอันน่าเศร้าอีกครั้ง แต่ถูกไล่ออก โดยรัฐบาลญี่ปุ่นที่มีความมั่นใจมากเกินไปซึ่งประเมินพลังของ Godzilla ต่ำเกินไป แต่เพื่อเป็นการพิสูจน์คำกล่าวอ้างของทาจิบานะต่อไป ยูริลูกสาวของเขาที่ทำงานให้กับรายการข่าวทางโทรทัศน์ “Digital Q” ได้สืบสวนปรากฏการณ์ประหลาดในสามพื้นที่ที่แยกจากกันในญี่ปุ่น (สองแห่งเกี่ยวข้องกับการเสียชีวิตของเยาวชนที่ผิดศีลธรรม) และได้พบกับชายชราลึกลับ ชื่อว่า อิซายามะ ผู้ซึ่งประกาศว่านอกจากต้นกำเนิดนิวเคลียร์อันเลื่องชื่อแล้ว ก็อตซิลล่ายังเป็นแหล่งสะสมวิญญาณอาฆาต (ของทั้งคู่)