ยูกิและไคบะมีการดวลพิเศษที่ก้าวข้ามมิติ ในการเปิดตัว ไคบะ กำลังทำการวิจัยเกี่ยวกับ ปริศนามิลเลนเนียม ทันใดนั้นมีชายสวมเสื้อคลุมลึกลับปรากฏตัวที่ศาลเจ้าใต้ดินในขณะที่บอดี้การ์ดคนหนึ่งของไคบะบอกว่าเขามาช้ากว่ากำหนดและเร่งความคืบหน้าให้เร็วขึ้น 6 เดือนหลังจากการจากไปของฟาโรห์ (1 ปีในการพากย์) ยูกิมูโตะและเพื่อนสนิทของเขาอยู่ในปีที่สี่และปีสุดท้ายของโรงเรียนมัธยมโดมิโน่และกำลังพูดถึงสิ่งที่พวกเขาจะทำในอนาคต

ในขณะเดียวกัน ไคบะ ได้ทำการขุดค้นเพื่อดึง ปริศนามิลเลนเนียม ที่ถอดประกอบจากซากห้อง มิลเลนเนียมแชมเบอร์ รายการนี้เคยเป็นวิญญาณของฟาโรห์เอเทมคู่ปรับเก่าแก่ของเขาซึ่งเขาหวังว่าจะ “กลับมามีชีวิตอีกครั้ง” เพื่อที่จะชำระคะแนนโบราณ การขุดค้นถูกขัดจังหวะโดย ดีว่า ซึ่งเผชิญหน้ากับ ไคบะ ในเกม การต่อสู้กันตัวต่อตัวของมอนสเตอร์และขโมย ปริศนา ที่กู้คืนมาสองชิ้น เขาเก็บชิ้นส่วนหนึ่งชิ้นและมอบอีกชิ้นให้กับเซร่าน้องสาวของเขาซึ่งส่งต่อให้กับ ยูกิ มูโต้ ในขณะที่เขาเป็นคนเดียวที่สามารถประกอบปริศนาขึ้นมาใหม่ได้โดยเป็นเจ้าภาพของฟาโรห์นิรนาม