นักเรียนมัธยมปลาย Yuu และเพื่อน Haru Haru มีส่วนร่วมในคดีที่เกี่ยวข้องกับ Kotona เพื่อนสมัยเด็กของเขา ซึ่งบังคับให้พวกเขากลับไปกลับมาระหว่างอีกโลกหนึ่งที่แตกต่างออกไป แต่ค่อนข้างคล้ายกับโลกของพวกเขา Ni no Kuni โลกแห่งความจริงและ Ni no Kuni เมื่อชีวิตของ Kotona ตกอยู่ในอันตราย ทางเลือกสุดท้ายที่ทั้งสามคนจะต้องเลือกใน Ni no Kuni คืออะไร?